Cos'è un file PDB?

Cosa sapere

• Alcuni file PDB sono file di database di programmi.
• Aprine uno con un editor di testo o un programma come Geneious.
• Converti in un altro formato con lo stesso programma che apre il file di database specifico.

Questo articolo spiega cos'è un file PDB, come aprirne uno e come convertirne uno in un formato diverso.

Definizione di un file PDB

Un file con il PDB estensione del file è molto probabilmente un file di database del programma utilizzato per contenere informazioni di debug su un programma o modulo, come a DLL O EXE file. A volte vengono chiamati file di simboli.

Il file associa vari componenti e istruzioni nel codice sorgente al prodotto finale compilato, che il debugger può quindi utilizzare per trovare il file sorgente e la posizione nell'eseguibile in cui dovrebbe interrompere il processo di debug.

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Alcuni file PDB potrebbero invece essere nel formato file Protein Data Bank. Questi sono semplici file di testo che memorizzano le coordinate relative alle strutture proteiche.

Altri file PDB potrebbero essere creati nel formato file Palm Database o PalmDOC e utilizzati con PalmOS mobile sistema operativo ; alcuni file in questo formato utilizzano invece l'estensione file .PRC. Ancora un altro formato che utilizza questa stessa estensione è Tanida Demo Builder.

Come aprire un file PDB

Diversi programmi utilizzano il proprio file PDB per archiviare i dati in una sorta di formato di database strutturato, quindi ciascuna applicazione viene utilizzata per aprire il proprio tipo.

Geniale , Accelera , Studio visivo , E Pegaso sono solo alcuni esempi di programmi che potrebbero utilizzare il file come file di database. radar E PDBparse potrebbe anche funzionare.

Alcuni file PDB vengono archiviati come testo semplice, come i file del database di debug del programma di Geneious, e sono completamente leggibili dall'uomo se aperti in un file editor di testo . Puoi aprire questo tipo di file PDB con qualsiasi programma in grado di leggere documenti di testo, come il programma Blocco note integrato in Windows. Alcuni altri visualizzatori ed editor compatibili includono Blocco note++ E Parentesi .

Gli altri file PDB non sono documenti di testo e sono utili solo se aperti con il programma a cui sono destinati. Ad esempio, se il tuo è correlato in qualche modo a Quicken, prova a utilizzare quel software per visualizzarlo o modificarlo. Visual Studio prevede di vedere un file PDB nella stessa cartella del file DLL o EXE.

Puoi visualizzare e modificare i file della Protein Data Bank in Windows, Linux e macOS con Avogadro . Anche questi programmi possono aprire il file: Jmol , RasMol , QuickPDB , E Chimera dell'USCF . Poiché si tratta di testo semplice, puoi aprirne uno anche in un editor di testo.

Palma Desktop dovrebbe essere in grado di aprire questo file se è nel formato file Palm Database, ma potrebbe essere necessario prima rinominarlo per avere l'estensione file PRC affinché quel programma lo riconosca. Calibro è un'altra opzione.

Per aprire un file PDB PalmDOC, prova Visualizzatore STDU .

Costruttore di demo Tanida apre i file in quel formato.

Come convertire un file PDB

Molto probabilmente i file di database del programma non possono essere convertiti in un formato di file diverso, almeno non con a normale strumento di conversione di file . Invece, se esistesse un'applicazione in grado di convertire questo tipo di file, sarebbe lo stesso programma in grado di aprirlo.

Ad esempio, se devi convertire il file del database da Quicken, prova a utilizzare quel programma per farlo. Questo tipo di conversione, tuttavia, probabilmente non solo è di scarsa utilità ma non è nemmeno supportato in queste applicazioni di database (vale a dire, probabilmente non è necessario convertire questo tipo di file PDB in nessun altro formato).

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I file della Protein Data Bank possono essere convertiti in altri formati con MeshLab . Per fare ciò, potresti doverlo prima convertire in WRL con PyMOL dal File > Salva l'immagine come > VRML menu, quindi importare il file WRL in MeshLab e utilizzare il file File > Esporta mesh come menu per convertire infine il file PDB in STL o in un altro formato di file.

Se non hai bisogno che il modello sia a colori, puoi esportare il file direttamente in STL con USCF Chimera (il link per il download è sopra). Altrimenti, puoi utilizzare lo stesso metodo di cui sopra (con MeshLab) per convertire PDB in WRL con USCF Chimera e quindi esportare WRL in STL con MeshLab.

Per convertire PDB in PDF O EPUB , se hai un file PalmDOC, è possibile in diversi modi, ma il più semplice è probabilmente utilizzare un convertitore online come Zamzar . Puoi caricare il tuo file su quel sito web per avere la possibilità di convertirlo in quei formati oltre che in AZW3, FB2, MOBI , PML, PRC, TXT e altri formati di file eBook.

Per convertirne uno nel formato FASTA è possibile farlo con Convertitore online da PDB a FASTA di Meiler Lab .

È anche possibile salvare questo file in CIF (formato informazioni cristallografiche) online utilizzando PDBx/mmCIF .

Non riesci ancora ad aprirlo?

I file che non si aprono con nessuno degli strumenti di cui sopra, probabilmente non sono in realtà file PDB. Ciò che potrebbe accadere è che stai leggendo erroneamente l'estensione del file; alcuni formati utilizzano un suffisso che assomiglia molto a PDB, quando in realtà non sono correlati e non funzionano allo stesso modo.

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Ad esempio, un file PDF è un file di documento, ma la maggior parte dei programmi di cui sopra non riprodurrà correttamente il testo e/o le immagini se provi ad aprirne uno con questi programmi software. Lo stesso vale per altri file con estensioni di file con ortografia simile, come DBF , DB , ADP , PD, PDE, PDC, PDO e WPD File.

PBD è un altro che appartiene al programma EaseUS Todo Backup ed è quindi utile solo se aperto con quel software.

Se non disponi di un file PDB, cerca l'estensione del file in modo da poter trovare il programma appropriato che lo apra o lo converta.

Lettura avanzata su file PDB

Puoi leggere molto di più sui file di database dei programmi da GitHub E Intelletto invernale .

C'è altro da imparare anche sui file Protein Data Bank; Vedere Banca dati mondiale sulle proteine E PDB RCSB .

• Come posso risolvere il problema quando Visual Studio non riesce a trovare o aprire file PDB?

  Se viene visualizzato un messaggio che indica che Visual Studio non riesce a trovare o aprire il file PDB, prova a utilizzare lo strumento di debug di Visual Studio. Vai a Strumenti > Opzioni > Debug > Simboli e seleziona Server dei simboli Microsoft.

  
  

• Come faccio ad aprire un file PDB su Android?

  Utilizza un lettore di file di terze parti. Scarica l'app Cool Reader o qualsiasi altro lettore supportato da file PDB su Google Play.